厦门实时数字PCR原理及步骤

Real-time PCR：基线（baseline)：通常是3－15个循环的荧光信号，同一次反应中针对不同的基因需单独设置基线。阈值（threshold)：自动设置是3-15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。手动设置：置于指数扩增期，刚好可以清楚地看到荧光信号明显增强。同一次反应中针对不同的基因可单独设置阈值，但对于同一个基因扩增一定要用同一个阈值。Ct值：与起始浓度的对数成线性关系，分析定量时候一般取Ct:15-35.太大或者太小都会导致定量的不准确。相对定量：通过与内参基因Ct值之间的相差来计算基因之间的表达差异,一般是2-△△Ct。或者是考虑扩增效率的Pfaffl法。重叠延伸聚合酶链反应用于连接含有基因、调节序列或突变的DN段。厦门实时数字PCR原理及步骤

引物的设计对于这个实验至关重要，因为Real-time PCR的检测灵敏度比较高，所以相应的对引物设计的要求就很高。普通的要求规则大家都知道，还有几点必须注意：1，引物的错配率（引物错配形成引物二聚体，但是SYBR照样能嵌入进去，结果导致实验结果的误差很大，重复性也不好）。2，引物的特异性一定要高（不像常规PCR，引物同源性不高，只要两条产物的片段长度相差足够大，在电泳的时候能够区分开就可以。Real-time PCR只有在熔解曲线的时候能分开，所以这就造成整个实验结果误差很大，不可信）。厦门实时数字PCR原理及步骤重叠延伸聚合酶链反应：一种用于将两个或多个含有互补序列的DN段拼接在一起的基因工程技术。

聚合酶链式反应的试验污染：PCR反应的很大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性，但令人脑袋不适的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。污染原因：标本间交叉污染：标本污染主要有收集标本的容器被污染，或标本放置时，由于密封不严溢于容器外，或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染；标本核酸模板在提取过程中，由于吸样污染导致标本间污染；有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散，导致彼此间的污染。PCR试剂的污染：主要是由于在PCR试剂配制过程中，由于加样、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。如果基因的基因组DNA序列是已知的，逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内含子的位置。

Real-time PCR链反应的常见问题分析与解决方法：反应缓冲液未完全融化或未充分混匀。确保反应缓冲液融化完全并彻底混匀。引物特异性差。利用BLAST检查引物特异性或重新设计引物。引物量过多。减少反应体系中引物的用量。模板量过多。质粒DNA的用量应<50ng，而基因组DNA则应<200ng。外源DNA污染。确保操作的洁净。阴性对照出现条带：试剂，头，工作台污染。使用全新的试剂和头，对工作台进行清洁。条带大小与理论不符：污染。使用全新的试剂和头，对工作台进行清洁。模板或引物使用错误。更换引物和模板。基因亚型。对研究的基因进行序列分析和BLAST研究。逆转录-聚合酶链反应较广用于表达谱，以确定基因的表达或鉴定RNA转录物的序列。在嵌套聚合酶链反应中，除了预期的靶之外，该产物可能仍然由非特异性扩增的DN段组成。

Real-time PCR从用途上分可以分为定性分析和定量分析：定量分析可以分为定量和相对定量两种。定量指的是我们想知道某个基因在初始样品中具体的拷贝数或浓度是多少？定量实验必须使用已知拷贝数的标准品，必须做标准曲线。而相对定量是指我们想知道某一个基因在不同样品中表达量的差异，其目的是测定目的基因在两个或多个样本中的含量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的拷贝数。举例来说，如研究项目中包括使用高盐胁迫处理的样本和未高盐胁迫处理的样本，记为已处理样本和未处理样本，通常可以将未处理样本指定为基准，规定其目的基因浓度为100%，用已处理样本的定量结果除以未处理样本的定量结果，就可以计算每个已处理样本的基因含量相对于未处理样本的百分比。相对定量可以应用于差异显示结果验证、基因芯片结果验证、siRNA效果确认、mRNA表达量分析等等。Real-time PCR探针法适用于扩增序列专一的体系的检测。上海实时PCR检测技术原理及步骤

如果基因的基因组DNA序列是已知的，逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内含子的位置。厦门实时数字PCR原理及步骤

实时定量PCR的系统构成及工作原理：荧光定量检测系统由实时荧光定量PCR仪，实时荧光定量试剂，通用电脑，自动分析软件等构成。设备由荧光定量系统和计算机组成，用来监测循环过程的荧光。与实时设备相连的计算机收集荧光数据。数据通过开发的实时分析软件以图表的形式显示。原始数据被绘制成荧光强度相对于循环数的图表。原始数据收集后可以开始分析。实时设备的软件能使收集到的数据进行正常化处理来弥补背景荧光的差异。正常化后可以设定域值水平，这就是分析荧光数据的水平。厦门实时数字PCR原理及步骤

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