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复杂性：生态系统是一个具有复杂结构和功能的系统，系统内部具有负反馈的自我调节机制，对外界干扰具有一定的调节能力和时滞性。人为活动与自然干扰都会对生态系统产生影响，这两种影响常常很难准确区分．这给监测及数据解释带来了较大难度 ，分散性：生态监测平台或生态监测站的设置相隔较远，监测网络的分散性很大。同时由于生态过程的缓慢性，生态监测的时间跨度也很大，所以通常采取周期性的间断监测。 具有独特的时空尺度根据生态监测的监测对象和内容。生态监测可分为宏观生态监测和微观生态监测两个。任何一个生态监测都应从这两个尺度上进行。即宏观监测以微观监测为基础，微观监测以宏观监测为主导。生态监测的宏观、微观尺度不能相互替代，二者相互补充才能真正反映生态系统在认为影响下的生物学反应

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