根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。增强抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能***和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。能松土保肥、改善环境：丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。有益菌刺激有机质释放营养：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素。大量微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性。上海本地生物菌肥技术指导
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。中国香港功能性生物菌肥技术指导微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起。
促进快速生长：能产生刺激作物生长的生物***。菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞***类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。与施用化肥相比，在等价投入的情况下可增产15%~30%。果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。分解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。
所以大部分生物菌的活菌在包装之前多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。还有就是，无论是在包装之前就进入休眠状态的活菌，还是包装后自动休眠的活菌，肯定都需要一个***的过程。但是许多生物菌剂或者生物菌肥的厂家都在其推广宣传中忽略了这一点，导致农民在使用方法上无法做到科学准确，自然也就得不到预期的效果了。生物菌肥其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物肥料.
能松土保肥、改善环境：丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。有益菌刺激有机质释放营养：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。近几年， 随着“绿色农业”的兴起和发展，重视农产品的品质，生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。中国台湾大丰收生物菌肥售后保障
但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。上海本地生物菌肥技术指导
首先，要选择正规厂家的产品。具备农业部微生物肥料登记证，包括：微生物菌剂登记证、生物有机肥登记证，或复合微生物肥料登记证；其次，要核对执行标准。农用微生物菌剂执行的是国家标准，为GB20287-2006，生物有机肥和复合微生物肥执行的是行业标准，分别为NY884---2012和NY/T798-2015；再次，要查看包装袋上菌数的标注。菌剂中的有效活菌数液体含量要≥2亿/克颗粒的要≥1亿/克，生物有机肥和复合微生物肥中的有效活菌数含量要≥2000万/克。在满足以上3个条件的情况下，用户可以根据所需要的功能选择含有特定功能菌种的微生物菌肥。菌肥的质量要看其所含“有效活菌”的数量，活菌越多效果约好，特别说明要是活菌！上海本地生物菌肥技术指导
