许多（粪）有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，还有些有机肥料中含有不利于作物生长的有机化合物，所以，有机肥必须经过高质量发酵、加工处理后才能施用，生粪绝不能下地。在农业生产中也存在计量施用的问题。如果有机肥的用量太多，不仅是一种浪费，而且也可造成土壤障碍，影响作物生长发育。应根据土壤中各种养分及有机质的消耗情况合理使用，做到配方施肥、科学施肥。提高土壤的温度，同时，有机肥热容量较大，保温性能好，不易受外界冷热变化的影响，冬天防冻，夏天防暑，这对于果树根系萌芽、生长和越冬非常有利。有机肥还可使土壤变得疏松，改善作物根系的生态环境。中国香港通常有机肥市场报价
有机肥一般是开沟下的，若开沟位置过于靠近主干，恐挖伤粗根，而这类根不像吸收根那么更迭较快，恢复起来需要较长的时间，果树可能因树势急剧衰退而亡；除去直接挖断粗根，开沟后未及时覆盖，使根系长时间暴露在外，同样会对树体不利。有机肥过量使用可能会导致烧根、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等，终引起死树。施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。四川便宜有机肥要调整农业投入结构，减少化肥农药使用量，增加有机肥使用量。
有机肥料还可以降低土壤容重，改善土壤的粘结性和粘着性，使耕性变好。由于腐殖质疏松多孔，粘着力和粘结力比粘土要小，比砂土大，因此既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又能改变砂土的松散状态。3、长期大量使用化肥会导致土壤病菌虫卵增多，如果不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水出现富营养化，导致环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此耕种帮建议合理使用有机肥料，既能减轻环境污染，又可以减少化肥投入。
真正的有机肥不得溶化，也不能溶化，因为有机肥里面含有大量的纤维素和木质素不能被水溶解，它必须是通过土壤中的微生物菌来进行分解，转换为氨基酸和碳水化合物才能够被果树根系吸收，这是一个缓慢而持久的过程。有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质，不仅吃瓜瓜甜，吃麦麦香，更重要的是通过微生物分解出的有机酸能够活化土壤中被固定的矿物质元素得以充分的吸收和利用。有机肥是主要来源于植物和动物，施于土壤以提供植物营养为主要功能的含碳物料。
羊粪有机肥使用方法果树作物1、新栽幼树①清地翻耕前，每亩先撒施1～3吨有机肥再进行翻耕，此项非常关键：果树定植之后，果树需在此生长至少7年之久，是为果树根系全园伸长改善条件的机会。②在果树挂果前，每年秋季或春季，沿果树滴水线挖环形沟，每株施5千克有机肥。2、成龄挂果树于摘果结束后，在行与行间或树与树间开深沟施入有机肥，后覆土。一般沃柑的根系主要分布在表土下的10～40厘米处，开沟（挖穴）可以参考此深度，有机肥施的越深越有利于根系向下伸长。结果沃柑树建议每年每株施用量为5～10千克，并且隔年替换埋肥位置。大化肥的营养功能巨大，没有大化肥，就没有高产量。有机肥对作物的营养功能的确远远比不上大化肥。中国香港通常有机肥市场报价
有些菜农对有机肥的认识不足，认为没有化肥见效快，另外有机肥要配合使用化肥还嫌麻烦。中国香港通常有机肥市场报价
主要功效：1、增加作物抗逆性、固氮、减少化学肥料的投入，降低成本。2、增加土壤养分、改良土壤结构及微生态环境，提高化肥利用率。3、促使土壤中的有机质分解成腐殖质，促进根系生长及作物生长、成熟。4、平衡土壤pH值，有益微生物调节植物根系生态环境，形成优势菌落，防止土传病虫害，解除化肥、重金属、农药及有害因子对土壤的破坏，净化和修复土壤，克服连作障碍。5、作为生物农药投入到植物病害应用中，对防治作物多种病害均有效。能抑制致病菌的生长，提高农作物抗病能力，使病菌，昆虫卵在土壤中自然地被除掉，尤其能防治根瘤病、寄生虫、土壤线虫病等。6、提高作物抗病、抗寒，抗旱、防热、防病防虫能力，改善产品品质。中国香港通常有机肥市场报价
