当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。分不清使用的是菌剂还是菌肥微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。特别是农作物根际土壤微生态系的微生物活性对植物根部营养则更为重要。桂林芒果生物菌肥
玉米上用微生物菌肥效果特别好，因为它不仅能可做基肥也可做追肥，具体用法是：1.基肥：每亩施用有机肥3000千克施肥方法可以采用沟施或穴施方法，同时根据土壤性质配合适量的氮肥、磷肥。2.追肥：每亩施肥量低于20千克标准氮肥时，宜在拔节中期一次追肥杆穗齐攻。一般早熟品种播后30天左右，即"喇叭口期"，追肥为好。中熟品播种后25天左右，追肥为好。晚熟品种播后35--4天追肥为好。每亩施用量超过20千克标准氮肥的，以分次追肥为好。重点放在攻杆和攻穗肥。各地一般采用二次追肥，一般以前重后轻，即攻杆肥占60%--70%为好，攻穗肥占30%---40%为好，在拔节、孕穗期喷施微量锌和硼。广西中药材生物菌肥含固氮菌的菌肥还可以固定空气中的氮素，直接提供植物养分，各种菌肥能固定的氮素数量十分有限。
生物菌肥的概念：生物菌肥内含有特定的***微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长***并***有害微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放***，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，较终使产量提高；还可以增强植物抗逆性，细菌病虫害发生，降低产量损失。生物菌肥是不可多得的好肥料。
生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。生物菌肥中的菌种经过精心培养和筛选，具有高活性和稳定性，能够在不同环境条件下发挥作用。
菌肥是“土壤的清洁师”微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。菌肥是“土壤的治疗师”土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。5，菌肥是“土壤的营养师”微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。分解土壤中有机质，可减少氮素的流失，解钾溶磷提高肥料利用率，降低生产投入，减少资源浪费。昆明花椒生物菌肥
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生物菌肥具有以下特点：有机性：生物菌肥主要由有机物质组成，不含化学合成的化肥成分，对土壤和环境无污染。菌种丰富：生物菌肥中含有多种有益微生物菌种，能够促进土壤中的生物活性，改善土壤结构。营养：生物菌肥中的微生物菌种能够分解有机物质，释放出植物所需的养分，提供多方面的营养供给。促进植物生长：生物菌肥中的微生物菌种能够与植物根系形成共生关系，促进植物的生长和发育。提高作物抗病能力：生物菌肥中的微生物菌种提高作物的抗病能力。增加土壤肥力：生物菌肥中的微生物菌种能够分解有机物质，增加土壤的有机质含量，提高土壤肥力。桂林芒果生物菌肥
