微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否则就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。定义不同，意义就不同，随意抓片树叶就含菌几万，不能说这含菌的树叶就值多少钱。各种定义的菌差异很大，确切的概念应该是有效功能菌；不同的菌种，功能、效果不同，成本也会有很大差异。千万不要被标示的5亿，10亿，甚至15亿的菌含量所蒙蔽，国家标准：微生物菌剂产品颗粒的是≥1亿，液体是≥2亿。生物有机肥是≥0.2亿，是国家相关**经过多年的理论和实践制定的。看到动辄标示的10亿、15亿菌含量的微生物菌肥一定要注意。80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。辽宁生物菌肥品质保障
目前，菌肥中所用的菌种一般属于中温性微生物，土壤温度在25-37℃时，**利于菌的生长和繁殖，一旦土壤温度超过37℃，菌的生长会明显变缓甚至停滞，菌肥效果也将受到影响。但生长停滞不**菌的死亡，当温度正常恢复且土壤湿度在50%左右时，菌将恢复生长及繁殖功能。如果在高温地区施用菌肥，建议企业通过分离筛选出更耐高温的菌种，添加到菌肥中确保菌肥效果。此外，强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。如果土壤积水时间过长，会影响菌肥效果，必须及时排干积水。此外，过多的积水会让菌悬浮到水中一部分，被冲掉，从而影响菌肥效果。湖北口碑好生物菌肥技术指导近几十年来，主要施用化学肥料，但随着化肥的大量施用，人们清醒的认识到化肥及化肥工业带来的危害.
果树用完生物肥的实际验证结果：对果品品质的影响。在苹果、葡萄、梨、草莓和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，微生物肥料明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。施用微生物肥料有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，果园施用微生物肥料后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、27.7%、12.6%、21.1%设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率
采集原始菌群比较好在当地林木茂密的山上选点，树木越多，生长年头越长，其林下积累的枯枝落叶就越多，这些枯枝落叶在各种生物菌的作用下形成厚厚的一层落叶土，这种落叶土就富含各种土著菌。采集时间比较好在早春进行，早春的温度较低，有利于发酵用酵母菌的繁殖，而不利于细菌、放线菌等的繁殖。米饭是微生物的喜欢，用电饭煲蒸一锅米饭；等米饭凉后松散开，并埋入林下的落叶土中；大概10天左右米饭中就会出现大量白色的菌丝(温度高时时间会短些)；这样米饭团就变成了富含各种土著菌，特别是酵母菌的原始菌群了(图1)。其实在林下收集有白色菌丝的树皮、落叶也可用来直接制作菌剂。方便的地方直接用落叶土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.将米饭埋入落叶土中。b.取出富集原始菌的饭团。c.收集到的原始菌群。d.将原始菌群和麦麸一起发酵。e.及时翻倒。f.将阴干的菌肥装袋放置：于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果***。
有机肥与生物菌肥的区别①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。吉林功能性生物菌肥技术指导
一种看法认为它肥效很高，把它当成肥料，甚至扬言可以完全取代化肥；辽宁生物菌肥品质保障
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，辽宁生物菌肥品质保障
