菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素。吉林口碑好生物菌肥品质保障
重点对生物菌肥进行推广,以此改善土壤品质。“生物菌肥的特点就在于其中含有大量的土壤有益菌,这些有益菌可以将土壤中不易被吸收的养分释放出来,促进植物吸收。同时,有益菌在生长发酵过程中分泌多糖、多肽等多种物质,可以有效地刺激植物生长,压制有害菌繁殖。”冠县生物菌肥推广项目负责人张兴强说,通过多次验证,施用过生物菌肥的土壤状况得到了明显改善,土传病害得到了有效压制,果品、菜品的质量和产量都得到了明显提高。在冠县万善乡崔王段村东的一块樱桃示范园内,棵棵粗壮的樱桃树骄傲地向人们展示着它茂盛的枝叶。“这片示范园的樱桃树就是施用了我们的生物菌肥,长得十分硕壮。同时,结出的樱桃糖度要比普通的高2到4个,货架期延长3至5天,果香浓郁。”张兴强介绍说,施用生物菌肥的原生态樱桃出色的品质在销售上得到了充分的印证,今年樱桃收获期,他开始尝试将这种樱桃触网销售,结果在短短十天的时间里,他先后接到订单300余个,销售此种樱桃1500余斤,并卖出了每斤30元的高价。不仅如此,冠县的张兴强还在降低生物菌肥使用成本上下足了功夫。他们通过多次尝试和反复试用,自主研发出了生物菌肥的制作流程,农民只需购买菌种后回家自行发酵制造即可。山东功能性生物菌肥技术指导除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。
化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
生物菌与保存有关系，在流通过程中，生产出来的过程中，有存放也有要求。一般生物菌的存放温度，在4℃-10℃，在通风避光的情况下，一般在两年之内就可以，超过时间比较长的话，里面的生物菌会死的很多，消失的很多。所以说有些人为什么使用不好，他买了些过期的，质量不过关的买了这样的施肥效果就不好了。三、使用方法不当的情况下也可能造成效果不好，使用一般是底施、沟施、穴施，还有些蘸根的、灌根的，还有些拌苗床土的，还有些拌土用在盆里的，也有冲施的，有时选用不当的情况下，也可能造成效果不会很好。减轻农作物的病害，提高化学肥料的利用率，终提高产量，减少化肥、农药对农产品及土壤的污染。
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。安徽湿地生物菌肥技术指导
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