有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒肥，可采用喷雾的方法，效果更明显。施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适温度，土壤含水量是60～70%左右。微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起。海南原产地生物菌肥技术指导
不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。超过保质期使用就没有效果国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。少数用户缺乏对症用菌的意识，选购产品时只注重是否含菌，而不关注菌的种类，使用不对症的菌品种后，达不到所需目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有9种，具有不同的功能，要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。宁夏功能性生物菌肥技术指导每种有机菌肥有它的属性和作用。球状芽孢杆菌是细菌杀虫菌、EM菌抗重荏菌，乳状芽孢杆菌是长效细菌杀虫菌。
另一方面要增加有益微生物的种类和数量，也就是施用一定数量的菌肥。菌肥也称生物肥料、细菌肥料。确切地说，它们是菌而不是肥，主要成分不是营养元素，而是大量的微生物。它的功效在于通过微生物的活动，改善作物的营养条件并分解土壤中的有机质，使他们变成能够被植物吸收的营养，这就如同人吃的饭菜必须经过消化才能被吸收一样。秸秆还田后如果没有微生物的帮助，不仅不能被植物利用，还可能助长病菌的滋生；另一方面，再好、再多的菌肥撒在贫瘠的土壤中也不可能凭空转换出营养元素，有益微生物也会饿死。只有当有机物与有益微生物同时存在时，才能起到增肥防病的效果。一种按适当比例在大量有机物质中植入有益微生物的生物菌肥，其生物菌肥包括能够增加或转化营养的固氮菌、硝酸菌、溶磷菌、光合菌；能够分解有机质的酵母菌；能够分泌植物生长刺刺激药素和压制病菌的哈刺木霉、绿粘帚霉、放线菌以及一些芽胞杆菌和假单胞菌。生物菌肥种具有长效、快速见效、增产防病的优点，值得推广。它的优劣主要看植入的有益微生物种类和数量。在这里也提醒大家注意，生物菌肥和多效有机肥不宜长时间存放，要避免高温，一般也不能和杀菌剂混用“这是俺自制的生物菌肥,用了它之后。
能松土保肥、改善环境：丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。有益菌刺激有机质释放营养：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素，达到肥效持久的目的。近几十年来，主要施用化学肥料，但随着化肥的大量施用，人们清醒的认识到化肥及化肥工业带来的危害.
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，那么包装袋上显示的是“XX亿活菌”字样的生物菌呢？毋庸置疑，它是完全具备增殖能力的。辽宁通常生物菌肥技术指导
微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品.海南原产地生物菌肥技术指导
“菌肥”的6个认知误区：误区1：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这是与化学肥料和植物调节剂的比较大区别，也就出现了微生物肥料***性不如后两者的现象。见效慢并不意味着品种是无效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种未必是好品种，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。海南原产地生物菌肥技术指导
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